学院设有中医医疗系、临床医学系、中西医结合系、针灸推拿系、药学系、护理系、经济贸易与管理系 7 个系，藏医学院、继续教育学院 2 个二级学院，以及社科部、基础课部、公共课部 3 个教学部。